Myšlenka vybudování ústavu se zrodila v roce 1908, kdy Moravský zemský sněm rozhodl vybudovat v zemi dva léčebné ústavy pro léčbu nemocných tuberkulózou, a to k oslavě šedesátiletého jubilea panování císaře Františka Josefa.
Se stavbou bylo započato v roce 1914 dle projektu zemského architekta ing. Jana Flory. Po vypuknutí I. světové války byl zemský výbor nucen veškeré stavební práce zastavit, avšak potřeba péče o nemocné a raněné vojáky přinutila v následujícím roce rakousko-uherskou vládu uvolnit potřebné finanční prostředky na dostavbu sanatoria. V srpnu roku 1916 byl proto ústav provizorně otevřen. Císař František Josef tehdy dovolil, aby léčebna nesla jeho jméno, takže první oficiální název zněl: „Jubilejní zemská léčebna plicní císaře Františka Josefa I. v Jevíčku.“ Svému původnímu určení, tj. léčbě žen nemocných tuberkulózou, začal ústav sloužit až na sklonku roku 1918. V letech 1918 – 26 byla dokončena hlavní budova s lehárnami a její spojení koridory s budovou kuchyně a jídelnami. Brzy se stala léčebna známou nejenom u nás, ale také v zahraničí. Původní lůžková kapacita přestala stačit a musely být přistaveny další budovy. Byl proto postaven další samostatný léčebný pavilon, obytné budovy pro zaměstnance, hospodářské budovy a ústavní kostelík, jehož stavba byla umožněna díky iniciativě a finanční pomoci olomouckého arcibiskupa, kardinála Bauera. Roku 1940 byl postaven tzv. „Lesní pavilon“ pro pacienty s lehčím průběhem onemocnění. V letech 1946 – 50 došlo k přístavbě operačního sálu, pracoven lékařů a k postavení další obytné budovy pro zaměstnance. Jednotliví stavitelé respektovali původní konstruktivistický záměr Florův, takže po stránce architektonické vzniklo unikátní dílo, které lze dokumentovat např. zájmem filmařů o exteriéry. Je třeba si ovšem uvědomit, že původní projekt zahrnoval též architektonické řešení lesoparku a parkovou úpravu celého areálu, který dodnes nese výrazné prvky arboreta.
Prvním ředitelem a zároveň budovatelem ústavu, kterému zemský výbor moravský svěřil vedení, byl rodák ze slezských Klimkovic, MUDr. Rudolf Lubojacký. Volba se brzy ukázala šťastnou, protože Lubojacký byl nejenom povolaným, nýbrž i vyvoleným člověkem k tomuto poslání. Ve své době vyzdvihl léčebnu po všech stránkách na jedno z předních míst nejenom u nás, ale i v Evropě.
Dne 16. června 1929 léčebnu navštívil první československý prezident T.G. Masaryk v rámci svojí návštěvy města Jevíčka. Tato skutečnost spolu s existencí Masarykovy Ligy proti tuberkulóze dala zřejmě v následujících letech podnět k pojmenování sanatoria na Masarykovu plicní léčebnu.
Po předčasné smrti Lubojackého, který zemřel na rakovinu žaludku ve věku 41 let, pokračovali v jeho odkazu postupně MUDr. J. Blatný, J. Skládal, M . Skyba. Své zkušenosti získané v Jevíčku uplatnila později většina z nich jako řádní profesoři lékařských fakult. Dále následovali MUDr. M. Dvořák, P. Bartoň, první žena v této funkci Ing. L. Smékalová. Každý z ředitelů dle svých schopností a možností vždy usiloval o to, aby byl ústav modernizován a aby bylo rozšiřováno spektrum poskytované zdravotní péče. V roce 1972 se ústav stal jediným zařízením v Čechách, které se zabývá léčbou i mimoplicní tuberkulózy.
V roce 1995 se spektrum poskytované zdravotní péče rozšířilo o další významný obor - léčebnou rehabilitaci, což velkou měrou přispělo k dalšímu rozvoji ústavu a jeho modernizaci.
